No 1989. līdz 2004.gadam bijis režisors brīvmākslinieks. Gintars Varns iestudējis lugas Lietuvas Jaunatnes teātrī, Viļņas Mazajā teātrī, Lietuvas un Kauņas Akadēmiskajos Drāmas teātros, Lietuvas Operas un baleta teātrī, Latvijas Nacionālajā operā (Dž.Verdi "Masku balle") un Nitras Drāmas teātrī Slovākijā. Viņš piedalījies arī dažādos starptautiskos un neatkarīgos projektos.
Gintars Varns atzīts par 2004./2005.gada Lietuvas teātra sezonas labāko režisoru, saņemot Lietuvas Kultūras ministrijas prēmiju un balvu "Skatuves zelta krusts". Šo atzinību Gintars Varns guvis par Tankrēda Dorsta lugas "Izpostītā zeme", Fjodora Dostojevska "Nozieguma un soda" un Timotē de Formbella lugas "Bāka" iestudējumiem Kauņas Drāmas teātrī.